Ze strony Sióstr Nazaretanek pieczę nad pracami przy powstawaniu klasztoru sprawowała ówczesna Generalna Zgromadzenia – Matka Maria Laureta Lubowidzka. Siostry wykonując swoją codzienną służbę były świadkami narodzin klasztoru – od budowy drogi poprzez leśne ostępy do polanki, po poświęcenie budynku w dniu 12 sierpnia 1931 roku. Budynek musiał robić niesamowite wrażenie, gdyż takowe robi po dziś dzień – szwajcarski styl, w przeważającej części drewniana konstrukcja, sielankowe umiejscowienie… to wszystko decyduje o wyjątkowości zjawiska pod nazwą: „Klasztor Sióstr Nazaretanek w Komańczy”.
Do wybuchu wojny we wrześniu 1939 roku działalność sióstr była podobna do tej z okresu przed wybudowaniem klasztoru – niesienie pomocy, w szczególności lekarskiej, chorym i ubogim. Należy dodać, że jednym z celów powstania klasztoru było stworzenie warunków kuracji dla sióstr i wychowanków szkół prowadzonych przez siostry, których trapiły dolegliwości płucne. Jednak codzienność jak i najbliższy wojenny czas uwypukliły inne aspekty działalności sióstr.
Wojna dotarła do klasztoru we wrześniu 1939 roku, kiedy to hitlerowcy przesiedlili tu kilka rodzin z Poznania i sami również postanowili tu kwaterować. Z tej przyczyny uszczupliły się znacznie warunki lokalowe sióstr i części klauzurowej budynku. Obecność okupanta – zarówno w klasztorze jak i na ziemiach polskich – komplikowała sytuację Nazaretanek. Przesiedleńcy, konwoje niemieckie z więźniami, lazaret niemiecki, punkt oporu przeciw sowieckiej ofensywie – to stałe zagrożenie dla mieszkanek klasztoru, które nie bacząc na czyhające niebezpieczeństwa, kontaktowały osoby muszące uciekać za granicę z kurierami, dawały kryjówkę poszukiwanym kapłanom i osobom pochodzenia żydowskiego, pomagały w ucieczce więźniom tymczasowo przebywającym w klasztorze. Nie bacząc na te wszystkie niedogodności, siostry starały się prowadzić nie zmienione życie zakonne tym bardziej, że funkcje duszpasterskie zostały przeniesione do klasztornej kaplicy; proboszcz parafii (ks. Stanisław Porębski) był równocześnie kapelanem i spowiednikiem sióstr.
Lata 1944 – 1948 – to czas łun w Bieszczadach i grasujących band UPA, siejących wokół strach i spustoszenie. Płonęło wszystko, co polskie… I pod klasztor nocami kilkakrotnie podchodzono z zapalonymi żagwiami. Siostry – udzielające nadal pomocy lekarskiej i charytatywnej potrzebującym – okazały wówczas niezwykły hart ducha i męstwo. Boża Opatrzność ustrzegła… Pomimo wielkich niebezpieczeństw, klasztor ocalał. Z Bożej woli, w przyszłości miał stać się „błogosławioną przystanią” dla wielu.
Lata powojenne – to czas zmagań z reżimem komunistycznym i czas mrówczej, codziennej pracy. Z uwagi na trudne warunki siostry musiały imać się różnych zajęć, by utrzymać klasztor: pracowały w szkółkach leśnych, prały bieliznę robotnikom leśnym i pracownikom hotelu robotniczego, którzy budowali bieszczadzkie drogi. Po zniszczeniu kościoła parafialnego na skutek działań wojennych – jego rolę przejęła klasztorna kaplica, która stała się świadkiem najważniejszych wydarzeń religijnych Komańczy. Tu odbywały się nabożeństwa, tu Ksiądz Proboszcz chrzcił dzieci, udzielał ślubu nowożeńcom; stąd wyruszały procesje świąteczne, stąd wyprowadzano zmarłych na cmentarz.
Kolejnym ważnym okresem w historii klasztoru był czas pobytu w nim Jego Ekscelencji Księdza Prymasa Stefana Wyszyńskiego …